A better chain of events is described as follows: A fines de 1808, al ser vencidas las fuerzas de ocupación francesas por los dominicanos y españoles, regresó a Santo Domingo donde escribió su célebre canto A los vencedores de Palo Hincado en la acción del 7 de noviembre de 1808.
Cuando Santo Domingo volvió a poder de España tuvo participación, entre 1810 y 1813, en el gobierno como teniente de gobernador, asesor jurídico e intendente. En 1812, dispuso la emisión de papel moneda y adoptó medidas de emergencia. En 1815, se desempeñó como rector de la Universidad de Santo Domingo. En mayo, desarrolló intensas actividades conspirativas; valiéndose de su posición oficial de teniente de gobernador y auditor de guerra, logrando ganar para su causa a los jefes de varios cuerpos militares, y arrestar en la noche del 30 de noviembre de 1821 al gobernador y capitán general. Finalmente, el 1 de diciembre quedó constituido el «Estado Independiente de Haití Español», para diferenciarlo de la ex colonia francesa, Haití, y donde Núñez de Cáceres ejerció la presidencia del gobierno provisional. El nuevo Estado, cuyos dirigentes temían una invasión de la vecina Haití, se colocó bajo la protección de la Gran Colombia. Núñez de Cáceres envió como emisario ante Simón Bolívar, presidente de la Gran Colombia, a Antonio María Pineda, quien no llegó a entrevistarse con el Libertador pues éste había ya emprendido la campaña del sur.
Aunque Núñez de Cáceres intentó conseguir el reconocimiento del Santo Domingo hispánico independiente por la República de Haití, el presidente de la vecina República, Jean Pierre Boyer, no sólo rechazó la idea sino que invadió el territorio de la parte oriental. Al recibir Bolívar la noticia de lo ocurrido el 1 de diciembre anterior en Santo Domingo (8.2.1822), se declaró dispuesto a ayudar a los dominicanos, pero el Estado Independiente de Haití Español dejó de existir el día siguiente, 9 de febrero de 1822, cuando el presidente Boyer hizo su entrada en la capital de Santo Domingo al mando de sus tropas. Ante estas circunstancias Núñez de Cáceres le entregó las llaves de la ciudad y se retiró a la vida privada. En agosto, estaba todavía en Santo Domingo, haciendo gestiones clandestinas para obtener apoyo de las autoridades de la Gran Colombia.
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